潔凈室和潔凈車間的空間設計應滿足產品生產工藝和空氣潔凈度等級的要求。合理安排和布置生產潔凈區、人員凈化、物料凈化、工藝設備及相應的物料供應管道、凈化空調系統及各種公用動力設施和管道是潔凈室空間設計的主要任務。在設計空間時，應仔細考慮清潔生產區與相關輔助生產區的關系，使空間布局有效而靈活。

對于送風、回風、排風管道及各種水、氣、電管道布置在天花板以上或地板以下的一般潔凈室，需要在以垂直單向流為主的潔凈室中設置必要的空間。一是在選擇氣流組織、空調和空氣過濾器的前提下，合理有效地安排潔凈室的空間。在潔凈室設計中，尤其是單向流潔凈室設計中，氣流組織、空調設備和布局方案的選擇是決定潔凈室空間的關鍵。

在一般的建筑設計中，空調是建筑的輔助設備。只是對建筑進行補充和完善的功能性設備，但潔凈車間的空調設備才是實現空氣潔凈度的主要功能性設備。當然，對于工業潔凈室來說，生產工藝設備、工具和產品所需的純水、純氣、高純化學品和穩定的電源也是生產潔凈廠房產品的重要條件。